نجوا از رمزنگاری RSA برای تمام پیامها استفاده میکند. هنگام ورود، اپ بهصورت خودکار یک جفت کلید عمومی و خصوصی ایجاد میکند؛ کلید خصوصی آفلاین و رمزنگاری شده نگهداری میشود و کلید عمومی قابل ارسال به دیگران است. کلیدهای عمومی به Base64 رمزگذاری شده و به صورت Deep Link قابل استفاده هستند. لینکهای معتبر حتما با https://secretapp.ir/k/ شروع میشوند.